New highly polymorphic microsatellite markers for the aquatic angiosperm Ruppia cirrhosa reveal population diversity and differentiation

Ruppia cirrhosa is a clonal monoecious plant phylogenetically associated to seagrass families such as Posidoniaceae and Cymodoceaceae. It inhabits shallow waters that are important for productivity and as a biodiversity reservoir. In this study, we developed 10 polymorphic microsatellite loci for R. cirrhosa. Additionally, we obtained cross-amplification for two microsatellites previously described for Ruppia maritima. These 12 markers were tested in four R. cirrhosa populations from the southwest of Europe. The number of alleles per locus was high for most of the markers, ranging from 4 to 13. Two populations (Sicily and Cádiz) showed heterozygote deficit (p < 0.001). The four populations (Sicily, Murcia, Cádiz, and Tavira) were significantly differentiated (F_ST ≠ 0; p < 0.001), corroborating the usefulness of these microsatellites on R. cirrhosa population genetics.

Ruppia cirrhosa est une plante monoécique clonale phylogénétiquement associée aux familles des herbiers telles que les Posidoniacea et les Cymodoceaceae. Elle se trouve dans les eaux peu profondes qui sont importantes pour la productivité et comme réservoir de biodiversité. Dans cette étude, nous avons développé 10 loci microsatellites polymorphes pour R. cirrhosa. De plus, nous avons obtenu des amplifications croisées pour deux microsatellites précédemment décrits chez Ruppia maritima. Ces 12 marqueurs ont été testés dans quatre populations de R. cirrhosa provenant du sud-ouest de l’Europe. Le nombre d’allèles par locus était élevé pour la plupart des marqueurs, allant de 4 à 13. Deux populations (Sicile et Cádiz) ont montré un déficit en hétérozygotes (p < 0,001). Les quatre populations (Sicile, Murcia, Cádiz and Tavira) étaient significativement différentes (F_ST ≠ 0; p < 0,001), confirmant l’utilité de ces microsatellites sur la génétique des populations de R. cirrhosa.